Vlada Federacije BiH je utvrdila Nacrt zakona o izmjenama i dopunama Zakona o vodama, jer su od početka primjene još aktuelnog zakona iz ove oblasti, koja je počela 1.1.2008. godine, uočeni određeni nedostaci, posebno u nepreciznoj raspodjeli nadležnosti za izdavanje vodnih akata.
Predstavnički dom Parlamenta Federacije BiH je 2011. i 2012. godine donio zaključke kojima je zatražio izmjene i dopune Zakona o vodama radi otklanjanja administrativnih barijera kod izdavanja vodnih akata i dodatnog uređivanja oblasti vodoprivrede. Zahtjeve za izmjene ovog zakona podnijeli su Tuzlanski kanton, Federalna uprava za inspekcijske poslove, Savez općina i gradova FBiH i Zeničko-dobojski kanton.
Nakon poplava 2014. godine, dodatne zahtjeve za izmjenu ovog zakona podnijeli su i Posavski kanton, Općina Orašje i niz drugih subjekata. Zaključkom od 22.10.2015. godine, Vlada FBiH je, također, obavezala federalna ministarstva nadležna za vode, zaštitu okoliša i prostorno uređenje da usklade federalne zakone koji regulišu upravljanje vodama, zaštitu okoliša i prostorno uređenje, što je dodatni razlog za izmjene Zakona o vodama.
Federalno ministarstvo poljoprivrede, vodoprivrede i šumarstva je još 2012. godine analiziralo primjenu ovog propisa i utvrdilo potrebu za izmjenama i dopunama na bazi identificiranih problema u provođenju. Oni se u najznačajnijoj mjeri odnose na procedure i nadležnosti izdavanja vodnih akata i inspekcijskog nadzora, dodatno uređivanje segmenta zaštite od štetnog djelovanja voda, uključujući i vađenje materijala iz vodotoka, a na osnovu iskustava tokom katastrofalnih poplava 2014. godine, neadekvatnu usklađenost sa EU Okvirnom direktivom o vodama, slabu naplatu sredstava po osnovu vodnih naknada, neadekvatnu koordinaciju aktivnosti između agencija za vode, kantonalnih organa i općina, kao i drugih subjekata, potrebu unaprjeđenja vodnih usluga (snabdijevanje vodom, kanalizacija i prečišćavanja otpadnih voda), te na odredbe koje regulišu izdavanje koncesija.
Predložena je također i preraspodjela sredstava prikupljenih putem vodnih naknada, te se Fondu za okoliš raspoređuje 10 posto, a nadležnoj agenciji za vode 45 posto sredstava.
Ovim izmjenama se postižu važni ciljevi u oblasti voda i šire, koji imaju direktne efekte na građane i privredne aktivnosti, posebice u pravcu poboljšanja ambijenta za poslovanje, pojednostavljenja procedura izdavanja vodnih akata, unaprjeđenja sistema zaštite od poplava, vodosnabdijevanja, kanalizacije i prečišćavanja otpadnih voda, izmirivanja obaveza i ubiranja prihoda po osnovu opće i posebnih vodnih naknada.
Tekst Prednacrta zakona dostavljen je kantonalnim ministarstvima nadležnim za vode radi davanja komentara i sugestija. Svi komentari kantonalnih ministarstava ugrađeni su u tekst.
Danas utvrđeni Nacrt u najvećoj mjeri otklanja identificirane probleme u primjeni Zakona o vodama i značajno je usaglašen s ključnim institucijama u sektoru voda: agencijama za vode, Federalnom upravom za inspekcijske poslove, nadležnim kantonalnim ministarstvima i drugim zainteresovanim kroz širok krug javnih konsultacija.
